Como todo procedimento cirúrgico, a cirurgia de obesidade PODE apresentar riscos. Essas complicações são muito menos freqüentes nos dias de hoje devido à melhoria dos instrumentais cirúrgicos e dos grampeadores, melhoria das habilidades técnicas do cirurgião, equipe multidisciplinar mais engajada e experiente, além do melhor preparo do paciente no pré-operatório. Mesmo assim, complicações podem ocorrer.

A seguir listamos as principais:
- Atelectasia do pulmão e pneumonia;
- Trombose venosa profunda;
- Embolia pulmonar;
- Hemorragias;
- Hérnias incisionais e internas;
- Infecção de ferida operatória;
- Úlceras e estenoses da anastomose do estômago com o intestino;
- Fístulas das anastomoses;
- Anemias;
- Desnutrição;
- Perda de peso insuficiente;
- Diarréia e evacuações com gases fétidos;
- Pedras na vesícula biliar.

Todas essas complicações ocorrem em uma incidência MUITO PEQUENA, mas devem ser sempre esclarecidas para o paciente e seus familiares.